Caracterización genotípica y fenotípica de cepas de Streptococcus uberis aisladas de mastitis bovina en fincas lecheras del departamento de Antioquia, Colombia.

Abstract

RESUMEN:La mastitis bovina es la enfermedad del ganado que más pérdidas económicas genera a los productores de leche a nivel mundial. Streptococcus uberis es uno de los principales microorganismos responsable de la mastitis clínica y subclínica en bovinos. La variabilidad genotípica de S. uberis ha sido ampliamente demostrada en estudios realizados en diferentes países, a través de técnicas de tipificación molecular como lo es Multilocus Sequence Typing-MLST. Sin embargo, esta técnica presenta limitaciones al momento de profundizar en la variabilidad genética de las cepas circulantes por los pocos genes que son analizados. Actualmente, la disponibilidad de las tecnologías para la secuenciación del genoma completo -Whole Genome Sequencing-WGS, ha permitido analizar la totalidad del genoma de S. uberis. En Colombia, S. uberis ha tomado importancia, siendo hoy en día uno de los principales microorganismos aislados de mastitis. Sin embargo, no se tiene información genotípica que refleje la capacidad de virulencia y resistencia de las cepas circulantes. Por tal motivo que el objetivo del estudio fue caracterizar genotípica y fenotípicamente cepas de Streptococcus uberis, aisladas de mastitis bovina en fincas lecheras en el departamento de Antioquia, Colombia. MATERIALES Y MÉTODOS. Se recolectaron muestras de leche de bovinos de fincas pertenecientes a municipios del norte y oriente de Antioquia, Colombia. Se analizaron 10 aislados de S.uberis a los cuales se les realizó análisis de susceptibilidad antimicrobiana, análisis de formación In vitro de bipelícula y secuenciación del genoma completo usando Illumina NovaSeq PE150. RESULTADOS. El tamaño del genoma de los aislados varió entre 1.902.784 bp a de 2.134.443 bp, con un pangenoma de 1629 genes. El análisis del MLST, mostró 10 ST diferentes y no reportadas anteriormente. El 60% de los aislados fue débil formador de biopelícula y solo un aislado fue fuerte formador de biopelícula. Fenotípicamente el 80% de los aislados presentó resistencia a clindamicina y un 20% presentó resistencia a eritromicina y tetraciclina, lo cual coincidió con genes de resistencia que fueron encontrados: tetO, tetM, ErmB e lnuC. Se encontraron 36 factores de virulencia, 35 de estos identificados en todos los aislados; solo un aislado presentó uno un factor de virulencia diferente. Adicionalmente, se reportaron dos secuencias de inserción (ISSag2 y ISEnfa4) previamente asociadas a factores de virulencia y resistencia en otras especies. CONCLUSIÓN. Este es el primer estudio realizado en Colombia donde se secuencia el genoma completo y se analiza en conjunto características fenotípicas de cepas de S. uberis aisladas de mastitis bovina. Nuestros resultados muestran alta diversidad de las cepas circulantes, así como, características genotípicas y fenotípicas que le confieren virulencia y resistencia a antimicrobianos a las cepas evaluadas.