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https://hdl.handle.net/10495/30419| Título : | Optical Properties of Silver-Mediated DNA from Molecular Dynamics and Time Dependent Density Functional Theory |
| Autor : | López Acevedo, Olga Lucía Makkonen, Esko Rinke, Patricio Chen, Xi |
| metadata.dc.subject.*: | ADN DNA Plata - química Silver - chemistry Dicroismo Circular Circular Dichroism Simulación de Dinámica Molecular Molecular Dynamics Simulation Nanoestructuras - química Nanostructures - chemistry Teoría cuántica Quantum Theory Teoría Funcional de la Densidad Density Functional Theory Dinámica molecular Molecular dynamics Propiedades ópticas del ADN |
| Fecha de publicación : | 2018 |
| Editorial : | DMPI |
| Citación : | Makkonen, E., Rinke, P., López-Acevedo, O. y Chen, X. (2018). Propiedades ópticas del ADN mediado por plata a partir de la dinámica molecular y la teoría funcional de la densidad dependiente del tiempo. Revista Internacional de Ciencias Moleculares , 19 (8), 2346. MDPI AG. Obtenido de http://dx.doi.org/10.3390/ijms19082346 |
| Resumen : | ABSTRACT: We report a combined quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM) molecular dynamics and time-dependent density functional (TDDFT) study of metal-mediated deoxyribonucleic acid (M-DNA) nanostructures. For the Ag+-mediated guanine tetramer, we found the maug-cc-pvdz basis set to be sufficient for calculating electronic circular dichroism (ECD) spectra. Our calculations further show that the B3LYP, CAM-B3LYP, B3LYP*, and PBE exchange-correlation functionals are all able to predict negative peaks in the measured ECD spectra within a 20 nm range. However, a spurious positive peak is present in the CAM-B3LYP ECD spectra. We trace the origins of this spurious peak and find that is likely due to the sensitivity of silver atoms to the amount of Hartree–Fock exchange in the exchange-correlation functional. Our presented approach provides guidance for future computational investigations of other Ag+-mediated DNA species. |
| metadata.dc.identifier.eissn: | 1422-0067 |
| ISSN : | 1661-6596 |
| metadata.dc.identifier.doi: | 10.3390/ijms19082346 |
| Aparece en las colecciones: | Artículos de Revista en Ciencias Exactas y Naturales |
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| Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
|---|---|---|---|---|
| LopezOlga_2018_OpticalPropertiesSilverMediated.pdf | Artículo de investigación | 2.59 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |
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