Estructuración de la información clínica electrónica para el uso en ciencia de datos en un hospital de tercer nivel de complejidad

Abstract

RESUMEN : Un desafío importante en Colombia es adaptar los datos clínicos de manera adecuada para ser usados en ciencia de datos, ya que actualmente no existe un consenso en la adopción de un modelo específico para esto. Internacionalmente, la transformación de los datos clínicos a un modelo de datos común (CDM, por sus siglas en ingles), ha demostrado ser una opción válida para facilitar las investigaciones en ciencia de datos. Por esto, el presente proyecto tuvo como objetivo estructurar la información clínica almacenada en los sistemas de información del S.E.S. Hospital Universitario de Caldas para obtener una base de datos confiable que permita el desarrollo de aplicaciones en ciencia de datos. Para el cumplimiento de este objetivo, primero se realizó un análisis exploratorio de los datos del hospital, luego se seleccionó un CDM adecuado para el hospital, se diseñó e implementó el proceso de extracción, transformación y carga de datos y, por último, se elaboró una guía para el proceso de conversión de los datos y un protocolo de anonimización. Como resultado, se logró realizar la conversión de los datos del hospital a las tres primeras tablas del CDM de la asociación de resultados médicos observacionales (OMOP), que fue la estructura seleccionada debido a que presentó las mejores características entre todos los modelos de datos revisados. Se concluyó, gracias al análisis exploratorio inicial realizado, que la estructuración y armonización de los datos es vital para futuras investigaciones con los datos y que el CDM de OMOP es una opción adecuada para esto.

ABSTRACT : An important challenge in Colombia is to adapt clinical data in a suitable way to be used in data science, as there is currently no consensus on the adoption of a specific model for this. Internationally, the transformation of clinical data into a common data model (CDM) has proven to be a valid option to facilitate data science research. Therefore, the objective of this project was to structure the clinical information stored in the information systems of the S.E.S. Hospital Universitario de Caldas in order to have a reliable database that allows the development of data science applications. To achieve this objective, first an exploratory analysis of the hospital's data was carried out, then a common data model (CDM) suitable for the hospital was selected, the data extraction, transformation and loading (ETL) process was designed and implemented, and finally, a guide for the data conversion process and an anonymization protocol were developed. As a result, the conversion of the hospital data to the first three tables of the Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP) CDM was achieved, which was the structure selected because it presented the best characteristics among all the data models reviewed. It was concluded from the initial exploratory analysis performed that data structuring and harmonization is vital for future research with the data and that the OMOP CDM is a suitable option for this.