Outbreak report of SARS-CoV-2 infection by airborne transmission: Epidemiologic and molecular evidence

Abstract

ABSTRACT: Introduction: It has been shown that the transmission of SARS-CoV-2 occurs mainly by air, and the risk of infection is greater in closed spaces. Objective: To describe the epidemiology, virology and molecular characterization of a COVID-19 outbreak at a closed vaccination point during the third wave of SARS-CoV-2 in Colombia. Materials and methods: Diagnostic tests, interviews, sampling, cell cultures and viral sequencing were carried out, the latter being molecular characterization and lineage identification. Results: Seven workers were positive for SARS-CoV-2; among these, 3 samples were analyzed, plus an additional sample belonging to the mother of the presumed index case; all samples were identified with lineage B.1.625, with a maximum of 2 nucleotides difference between them. Conclusions: Variant B.1.625 was identified as the cause of the COVID-19 outbreak, and a co-worker was also identified as the index case. Unexpectedly, attending a vaccination day became a risk factor for acquiring the infection.

RESUMEN: Introducción. Se ha demostrado que la transmisión de SARS-CoV-2 se produce principalmente por vía aérea y el riesgo de infección es mayor en espacios cerrados con alta concentración de personas; este último factor se presentó en algunos de los puestos de vacunación de la ciudad de Medellín. Objetivo. Describir la epidemiología, virología y caracterización molecular de un brote de COVID-19 en un punto de vacunación cerrado durante la tercera ola de SARS-CoV-2 en Colombia. Materiales y métodos. Se realizaron test diagnósticos, entrevistas, toma de muestras, aislamiento viral y secuenciación genómica. Con esta última, se hizo la caracterización molecular y se identificó el linaje. Resultados. Siete trabajadores fueron positivos para SARS-CoV-2, y de estos, tres muestras fueron secuenciadas, más una muestra adicional perteneciente a la madre del presunto caso índice. Todas las muestras fueron identificadas con el linaje B.1.625, con un máximo de dos nucleótidos de diferencia entre ellas. Conclusiones. Se identificó la variante B.1.625 como la causante del brote de COVID-19, y también un compañero de trabajo fue identificado como el caso índice. De forma imprevista, asistir a una jornada de vacunación se convirtió en un factor de riesgo para adquirir la infección.