Loss of heterozygosity in the short arm of human chromosome 3 in sporadic lung cancer

Abstract

ABSTRACT: Introduction: Loss of Heterozygocity (LOH) in the short arm of human chromosome 3 (3p) is a frequent event in different types of sporadic tumors, including lung cancer (LC). Aim: To determine 3p LOH in LC samples using 17 microsatellite markers. Methodology: In a pilot study on volunteers, thirteen LC biopsies (tumor tissue) and 4 ml of blood (normal tissue) from the same patient were collected. DNA extraction and Polymerase Chain Reaction (PCR) were performed with 17microsatellite markers to analyze LOH. Amplified fragments were run on 6% denaturalizing polyacrilamide gels and were visualized by using silver stain. Descriptive analysis was performed for each region on the 3p chromosome. Results: All tumors were informative for one or more of the analyzed markers. LOH was found in one or more loci in eleven samples (84.6%). The markers with major LOH were UBE1L (23.1%), D3S1317, D3S1300, D3S1284, D3S1274, D3S3049,and D3S1577 (15.4%). Three samples showed microsatellite instability (changes in the length of the microsatellite) indifferent loci. The percentages of LOH for the regions of 3p were: 17.6 % for 3p24-25, 11.62% for 3p21-22, 20% for 3p13-14, and 18.42% for the 3p12 region. Conclusions: Chromosomal regions with allelic loss were identified where probably other GSTs involved in the development of the LC are localized. It should increases sample size and marker number in order to narrow a minimal region and to identify a unknown gene involved in LC.

RESUMEN: Introducción: La pérdida de heterocigocidad (LOH) en el brazo corto del cromosoma 3 (3p) humano es un evento frecuente en diferentes tipos de tumores esporádicos, incluyendo cáncer de pulmón (CP). Objetivo: Determinar la LOH de 3p en muestras de CP, con 17 marcadores microsatelitales. Metodología: En un estudio piloto en voluntarios, se recolectaron 13 biopsias de CP (tejido tumoral) y 4 ml de sangre periférica (tejido normal) del mismo paciente, se extrajo el ADN y se realizaron reacciones en cadena de la polimerasa (PCR) con 17 marcadores microsatelitales para analizar LOH. Los fragmentos amplificados se corrieron en geles de poliacrilamida desnaturalizante al 6% y se visualizaron por medio de la coloración de tinción de plata. El análisis descriptivo se realizó para cada región estudiada en el cromosoma 3p. Resultados: Todos los tumores fueron informativos para uno o más de los marcadores analizados. Se encontró LOH en uno o más loci en 11 muestras(84.6%). Los marcadores con mayores LOH fueronUBE1L (23.1%), D3S1317, D3S1300, D3S1284,D3S1274, D3S3049 y D3S1577 con 15.4%. Tres mues-tras presentaron inestabilidad microsatelital (cambios en la longitud del microsatélite) en diferentes loci. Los porcentajes de LOH para las regiones de 3p fueron:17.6 % para 3p24-25, 11.6% para 3p21-22, 20% para3p13-14 y 18.4% para la región 3p12. Conclusiones: Se identificaron regiones cromosómicas con pérdida alélica donde es probable que se localicen otros GST involucrados en el desarrollo de CP, diferentes de los ya identificados como VHL,RASSF1A, FHIT y DUTTI, entre otros. Se debe aumentar el número de muestras y de marcadores para delimitar una región mínima e identificar algún gen no descrito implicado en la carcinogénesis de pulmón.