Phylogenetic analysis of wild-type canine distemper viruses circulating among dogs from the Aburrá Valley, Colombia

Abstract

RESUMEN: El virus del Distemper Canino (CDV) es el agente causal de una enfermedad altamente contagiosa que afecta a poblaciones caninas domésticas y silvestres. El gen de la El virus del Distemper Canino (CDV) es el agente causal de una enfermedad altamente contagiosa que afecta a poblaciones caninas domésticas y silvestres. El gen de la hemaglutinina (H), la proteína de membrana que determina el tropismo viral, presenta gran variabilidad genética entre las cepas existentes, identificándose hasta la fecha diez linajes distintos (H), la proteína de membrana que determina el tropismo viral, presenta gran variabilidad genética entre las cepas existentes, identificándose hasta la fecha diez linajes distintos distribuidos alrededor del mundo. Fue posible obtener la secuencia completa del gen H de 15 cepas circulantes en las poblaciones caninas domésticas del Valle de Aburrá (Departamento de Antioquia, Colombia). Se realizó un análisis filogenético de las secuencias nucleotídicas de las cepas de CDV colombianas con otros virus de CDV aislados en diferentes partes del mundo, incluyendo las cepas vacunales. Las cepas colombianas se agruparon monofiléticamente y por fuera de los linajes previamente descritos. Los anteriores resultados sugieren que en las poblaciones caninas domésticas del valle de Aburrá circula una variante genética del virus del distemper canino, no reportada anteriormente en ningún país y altamente divergente de las cepas vacunales y otros linajes reportados hasta el momento. Proponemos que este nuevo linaje sea llamado “Sur América 3”. Esta información sugiere que en la actualidad circulan al menos tres linajes distintos en las poblaciones Suramericanas de carnívoros domésticos y silvestres. El primero de ellos, re-nombrado como Europa/Suramérica 1, circula en Brasil y Uruguay; el segundo, conocido como Suramérica 2, parece estar restringido a la Argentina; y un tercero, Suramérica 3, que alberga todas las cepas de CDV caracterizadas en este estudio.

ABSTRACT: Canine Distemper Virus (CDV) is a highly contagious viral disease of carnivores, affecting both wild and domestic populations. The hemagglutinin (H) gene, encoding for the attachment protein that determines viral tropism, shows high heterogeneity among strains, allowing for the distinction of ten different lineages distributed worldwide according to a geographic pattern. We obtained the sequences of the full-length H gene of 15 wild-type CDV strains circulating in domestic dog populations from the Aburrá Valley, Colombia. A phylogenetic analysis of H nucleotide sequences from Colombian CDV viruses along with field isolates from different geographic regions and vaccine strains was performed. Colombian wild-type viruses formed a distinct monophyletic cluster clearly separated from the previously identified wild-type and vaccine lineages, suggesting that a novel genetic variant, quite different from vaccines and other lineages, is circulating among dog populations in the Aburrá Valley (Colombia). We propose naming this new lineage as “South America 3”. This information indicates that there are at least three different CDV lineages circulating in domestic and wild carnivore populations in South America. The first one, renamed Europe/ South America 1, circulates in Brazil and Uruguay; the second, South America 2, appears to be restricted to Argentina; and the third, South America 3, which comprises all the CDV strains characterized in this study.