Comparación de cuatro programas utilizados en la determinación de la composición genética ancestral de la población antioqueña

Abstract

RESUMEN: L a población antioqueña posee una estructura genética compleja que refleja su historia de mezclas entre poblaciones europeas, africanas y amerindias. En este estudio se determinó la composición genética de 849 individuos de la población antioqueña, utilizando un panel de 75 marcadores informativos de ancestralidad y 4 programas que implementan métodos bayesianos para inferir la composición de la mezcla ancestral. La contribución europea (60%) fue dos veces mayor que la contribución amerindia (28%), ambas con una distribución amplia, y fue poca la contribución africana (12%). Se estimó el tiempo transcurrido desde el primer evento de mezcla, que fue de 11 generaciones por cada 100 cM, lo cual hace de esta población un recurso útil para implementar estudios de mapeo por mezcla. Se evaluó la utilidad del panel de marcadores, así como la robustez y utilidad de los diferentes programas utilizados.

ABSTRACT: The genetic structure of the population of Antioquia is complex and arises from the historical admixture of European, African and Amerindian populations. The genetic makeup of 849 Antioquian individuals was determined using a set of 75 ancestry informative markers and four computer programs based on Bayesian methods in order to infer the composition of ancestral admixture. A great European component (60%) was twice as high as the Amerindian contribution (28%), both with broad distributions, followed by a smaller African contribution (12%). The average number of generations since the admixture event was 11 generations per 100 cM, which makes this population a useful resource to implement admixture mapping studies. The usefulness of the marker set as well as the power and helpfulness of the computer programs were assessed.