Validación de una técnica de PCR dúplex usando el gen E y RNasa P para el diagnóstico de SARS-CoV-2

Abstract

RESUMEN: Introducción: El estándar de diagnóstico para SARS-CoV-2 es la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). La Organización Mundial de la Salud recomendó el protocolo de Charité-Berlín para el diagnóstico de COVID-19; esta metodología implica tres PCR, limitando la capacidad de procesamiento y retrasando los resultados. Con el fin de reducir estas limitaciones, se validó una PCR dúplex para la detección del gen E y RNasa P. Métodos: Se comparó el límite de detección, sensibilidad y especificidad de la técnica de PCR dúplex (gen E más RNasa P), comparada contra el estándar monoplex (gen E), en muestras de ARN de un aislado de SARS-CoV-2 y de 88 especímenes clínicos, con resultados previamente conocidos. Se determinó la repetibilidad y reproducibilidad de los valores de ciclos umbrales (cycle threshold [Ct]), en dos laboratorios independientes de la Facultad de Medicina de la Universidad de Antioquia, usando reactivos y equipos diferentes. Resultados: No hay diferencias significativas (p = 0,84) en los resultados de Ct entre ambas estrategias. Al utilizar como referencia el gen E amplificado en monoplex, el análisis de concordancia demostró fuerte similitud entre las dos estrategias, con un coeficiente kappa de Cohen de 0,89, una sensibilidad del 90%, y una especificidad del 87%. Conclusión: La PCR dúplex no afecta la sensibilidad y especificidad informadas por el protocolo Charité, Berlín, siendo una herramienta útil para el cribado de SARS-CoV-2 en muestras clínicas.

ABSTRACT: Introduction: Reverse transcriptase - polymerase chain reaction (RT-PCR) is the standard technique for SARS-CoV-2 diagnosis. The World Health Organization recommends the Charité-Berlin protocol for COVID-19 diagnosis, which requires triple PCR, limiting the process capability of laboratories and dela ying the results. In order to reduce these limitations, a duplex PCR is validated for the detection of the E and RNase P genes. Methods: We compared the limit of detection, sensitivity and specificity of the duplex PCR technique (Egene and RNase P) against the monoplex standard (E gene) in RNA samples from a SARS-CoV-2 isolate and 88 clinical specimens with previously known results. The repeatability and reproducibility of the threshold cycle values (Ct) were determined in two independent laboratories of the Faculty of Medicine of the Universidad de Antioquia, using different reagents and real time instruments

Results: There were no significant differences in the Ct results between both techniques (p = 0.84). Using the monoplex PCR of E gene as a reference, the interrater reliability analysis showed similarity between the two techniques, with a kappa coefficient of 0.89, the sensitivity and the specificity of duplex PCR were 90% and 87%, respectively. Conclusions: Duplex PCR does not affect the sensitivity and specificity reported by the Charité, Berlin protocol, being a useful tool for SARS-CoV-2 screening in clinical samples