Evaluación de varias técnicas de extracción de ADN de Cryptococcus spp. a partir de muestras ambientales

Abstract

RESUMEN: El género Cryptococcus comprende, al menos, 38 especies, pero sólo 3 se han informado como patógenas para el hombre y los animales: Cryptococcus laurentii, Cryptococcus albidus y Cryptococcus neoformans; esta última es la más frecuente. La infección se adquiere por la inhalación de los propágulos infectantes del medio ambiente. Los estudios del hábitat se han realizado con técnicas de extracción con soluciones tampón y cultivos en medios selectivos. El objetivo del trabajo fue evaluar varias técnicas de extracción del ADN de Cryptococcus spp. a partir de muestras ambientales. Como controles se emplearon aislamientos de C. neoformans, C. albidus, C. laurentii y Paracoccidiodes brasiliensis. Se emplearon vermiculitas, suelos contaminados en el laboratorio con 10 a 106 blastoconidias/g y muestras naturalmente colonizadas con C. neoformans. El ADN se extrajo con métodos físicos, químicos y con un estuche comercial, y se purificó usando bloques de agarosa y columnas de sílica. Para la amplificación con PCR se emplearon los iniciadores CN4-CN5 específicos para C. neoformans. Sólo el estuche comercial permitió extraer y purificar elADN de las muestras de suelos contaminados hasta una concentración de 10 blastoconidias/g de suelo y de una de las muestras naturalmente colonizadas. Con este trabajo se logró la extracción y amplificación de ADN de Cryptococcus spp. a partir de muestras ambientales lo cual constituye una herramienta importante para delimitar las áreas ecológicas de C. neoformans en nuestro país.

ABSTRACT: The genus Cryptococcus encompasses 38 species, but only 3 are associated with disease in humans and animals, Cryptococcus laurentii, Cryptococcus albidus and Cryptococcus neoformans. The last one is the most frequently reported. The disease is acquired by the inhalation of infectious propagules present in the environment. The habitat has been established using extraction techniques with buffer supplemented with antibiotics and plating in selective media. The aim of this work was to evaluate several DNA extraction techniques for Cryptocococus spp. from environmental samples. The control isolates were C. neoformans, C. albidus, C. laurentii and Paracoccidiodes brasiliensis. We also used vermiculita and soil samples contaminated with different yeast concentrations (10 to 106 cells/g) and samples naturally contaminated with C. neoformans. DNA was extracted with physical and chemical methods and with a commercial kit, and the DNA was purified with agarose blocks and silica columns. For the PCR amplification we used the CN4-CN5 primers, which are specific for C. neoformans. Only the commercial kit allowed DNA extraction and amplification from contaminated soil samples up to a concentration of 10 cells/g and from one sample naturally colonized. With this work we extracted and amplified DNA from Cryptococcus spp. from environmental samples with appropriate PCR specificity, it will be a tool to establish the ecological areas of C. neoformans in our country.