Estructura y diferenciación genética en subpoblaciones de ganado Blanco Orejinegro en Colombia

Abstract

RESUMEN: Objetivo. Identificar la estructura genética en tres subpoblaciones de ganado bovinos Blanco Orejinegro (BON). Materiales y Métodos. Se evaluaron tres subpoblaciones de BON en Colombia: dos de ellas pertenecientes a la Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria – Agrosavia (Banco de germoplasma -BG y el núcleo de mejoramiento genético -MG) y un grupo de individuos pertenecientes a 12 hatos de diversas regiones de Colombia (Prod). Se realizó la genotipificación de 1162 individuos con un chip 7K a través del uso de polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) para analizar la diferenciación genética y estructura entre las subpoblaciones, mediante FST, FIS, FIT, distancias de Nei y un análisis de componentes principales. También se utilizó información genealógica de 12652 individuos para estimar el coeficiente de consanguinidad (F) y el tamaño efectivo de la población (Ne) en el tiempo. Resultados. La estructura genética poblacional general presentó baja diferenciación genética (FIS=0.0016, FST=0.0147, FIT=0.0163), bajos niveles de consanguinidad (F=2.08%), y una tendencia a mantener el Ne relativamente constante a través del tiempo en las tres subpoblaciones. Se encontró diferenciación genética de Prod con respecto a BG o MG. Conclusiones. Existe variabilidad genética en la población BON de Colombia y no se evidencian huellas de selección neutral, deriva genética o por la existencia de programas de mejoramiento genético o apareamientos selectivos.

ABSTRACT: Objective. To identify the genetic structure in three subpopulations of Blanco Orejinegro (BON) cattle. Materials and Methods. Three subpopulations of BON were evaluated in Colombia: Two groups belonged to Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria – Agrosavia (germplasm bank -BG and the nucleus of genetic improvement -MG), and one group of individuals belonged to 12 herds from several Colombian regions (Prod). The genotyping of 1162 individuals was made with a chip 7K through Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) to analyze the genetic differentiation and structure among the subpopulations through FST, FIS, FIT, Nei distances and analysis of principal components. Besides, genealogical information of 12652 individuals was used to estimate the inbreeding coefficient (F) and the population´s effective size (Ne) over time. Results. The general population genetic structure presented low genetic differentiation (FIS=0.0016, FST=0.0147, FIT=0.0163), low levels of inbreeding (F=2.08%), and a tendency to keep the Ne relatively constant over time in the three subpopulations. There was found genetic differentiation between Prod and BG or MG. Conclusions. There is genetic variability in the BON population of Colombia, and there are no evidence of selection signatures neutral, genetic drift, the existence of genetic improvement programs or selective matings.