| Fecha de publicación | Título | Autor(es) |
| 2016 | Biological diversity in the Ayapel (Colombia) floodplain system | Vélez Macías, Fabio de Jesús; Montoya Moreno, Yimmy; Aguirre Ramírez, Néstor Jaime; Ekkehard, Jordan |
| 2009 | Cambios nictemerales de variables físicas y químicas en la Ciénaga de Paticos, complejo cenagoso de Ayapel, Colombia | Montoya Moreno, Yimmy; Aguirre Ramírez, Nestor Jaime |
| 2008 | Caracterización de la biodiversidad acuática y de la calidad de las aguas de la Quebrada Los Andes, El Carmen de Viboral, Antioquia | Montoya Moreno, Yimmy |
| 2005 | Caracterización morfométrica básica de tres lagos someros en el municipio de el Carmen de Viboral, Antioquia (Colombia) | Montoya Moreno, Yimmy |
| 2008 | Caracterización morfométrica de un sistema fluviolacustre tropical, Antioquia, Colombia | Montoya Moreno, Yimmy |
| 2007 | Colonización de sustratos rocosos por los macroinvertebrados acuáticos en la quebrada Los Andes, El Carmen de Viboral, Antioquia Colombia | Montoya Moreno, Yimmy |
| 2012 | Diatomeas (Bacillariophyta) perifíticas del complejo cenagoso de Ayapel, Colombia. I. | Montoya Moreno, Yimmy; Sala, Silvia Estela; Vouilloud, Amelia Alejandra; Aguirre Ramírez, Néstor Jaime |
| 2013 | Dinámica del ensamblaje algal epifítico en el sistema de planos inundables de Ayapel a través del pulso de inundación | Montoya Moreno, Yimmy; Aguirre Ramírez, Néstor Jaime |
| 2018 | Ecological quality index using periphytic algae in San Juan river (Antioquia-Colombia) | Hernández Atilano, Esnedy; Sepúlveda Salazar, Robinson; Grajales Vargas, Heazel Janinne; Aguirre Ramírez, Néstor Jaime; Vélez Macías, Fabio de Jesús; Caicedo Quintero, Orlando; Mesa Valles, Jenny Alejandra; Cortés Duarte, Fernando Alonso; Montoya Moreno, Yimmy |
| 2013 | Elaboración de una cartilla pedagógica para traducir el lenguaje científico en lenguaje cotidiano | Montoya Moreno, Yimmy; Aguirre Ramírez, Néstor Jaime; González Agudelo, Elvia María |
| 2007 | Evaluación de la biodiversidad de insectos acuáticos y de calidad fisicoquímica y biológica del Río Negro (Antioquia-Colombia) | Montoya Moreno, Yimmy; Acosta García, Yeimi; Zuluaga Zuluaga, Elizabeth; García, Alejandra |
| 2013 | Lista de las diatomeas de ambientes continentales de Colombia | Montoya Moreno, Yimmy; Sala, Silvia; Vouilloud, Amelia; Aguirre Ramírez, Néstor Jaime; Plata Díaz, Jazmín |
| 2010 | Seston fluxes in the dam of a Colombian tropical reservoir | Montoya Moreno, Yimmy; Ramírez Restrepo, John Jairo |
| 2015 | Sucesión de microalgas perifíticas en tributarios del río Gaira, Sierra Nevada de Santa Marta, Colombia | Osorio Ávila, Farid Jesús; Rodríguez Barrios, Javier; Montoya Moreno, Yimmy |
